九黎兴盛，族长更替，新的族长乃是一拥有往日巫族大巫之力的壮汉，名为蚩尤。除此之外，所掌部下中亦有风伯、雨师、九凤、相柳四人。此四人亦有不弱于大巫的力量。蚩尤性邪，争斗杀戮之心极重，渐渐地，对轩辕氏也越发不满。终于，蚩尤整合九黎部落，宣布敌对轩辕氏，并且欲夺其人皇之位。
轩辕氏为神农钦立人皇，其下不仅有人族本土修炼数千年的大能修士，更有许多仙人相助。其中便有三清圣人诸弟子。而且原始天尊弟子广成子更是收轩辕氏为徒，成为帝师，教习轩辕氏法术。
而在轩辕氏登临人皇之位的当天，三清女娲诸圣与人族圣地观礼。忽然，天地一阵震动，一把长剑划破天际径直坠落与中央大洲。长剑煞气冲天，通身更是黑气缭绕，即便是神农等人族大能亦是感到灵魂震颤。而三清女娲在见到那三尺长剑之时，却是互视一笑，然后太清老子将其摄入掌中，以太清大法抹去其煞气，更在剑身布下数道阵法。待老子做完一切，剑身已然变成了金黄之色，剑侧更有两条五爪金龙做咆哮之状。而女娲随即用不周残山，结合万年玄铁炼出一剑鞘，配予那新生神剑。
神剑入鞘，由老子赐予轩辕氏，并赐剑名“轩辕”，为人皇随身兵刃！
轩辕氏掌控轩辕剑，蚩尤欲夺人皇之位又岂是那么简单？为了集结力量，蚩尤座下，除了风伯雨师等人，更有不少妖魔夹杂其中。而蚩尤与妖魔为伍，心性也越发邪恶，大有入魔之势。
九黎部落与有熊部落之间的碰撞越发巨大，终于两族之间开始了首战。轩辕势强，蚩尤败退。而蚩尤为一族之长，亦是有智谋之人，随即密派座下九凤入有熊部落。
九凤为女子，虽有大巫之力，但除非变化真身，否则无人识得。九凤以倾城闭月之貌亲近轩辕，最终被轩辕所喜，册立为帝妃。但九凤不知道的是，帝师广成子在原始天尊知会之下已然发觉了九凤真实身份。但九凤实力太强，真身更不被普通兵刃所伤，只能用轩辕剑坏之。于是广成子与轩辕氏共谋一计，以除九凤。
九凤册为帝妃，有熊部落举族贺喜。在宾客散去后，便是洞房花烛，享良辰美景之时。九凤虽为蚩尤部下，但却被轩辕风范所吸引，已然将自己任务忘却大半，一颗真心更是牵于轩辕之身，因此警惕性大降。
洞房花烛之夜，轩辕九凤享鱼水之欢。待九凤极享人事之乐时，轩辕竟是骤然发难，以轩辕剑刺入九凤内府！九凤大恨，然真身已伤，法力大减，不得已只能愤恨逃离。便是广成子祭出法宝，也被九凤强势破开。由此可见九黎大巫之力之强。
九凤事败，轩辕氏率大军攻入九黎部落。蚩尤凶狠，不仅败退轩辕，更是以巫法将轩辕大军困住。后轩辕得天界九天玄女传授奇门遁甲之术，摆阵御敌，终逃出蚩尤围困。
轩辕黄帝座下得仙凡两界相援，后与蚩尤大战与逐鹿之野，与之大战九个日夜，终以轩辕神剑斩下蚩尤头颅。蚩尤败亡，座下妖魔也被轩辕手下大将斩杀殆尽，终于将九黎族重新纳入人皇威势之下。
轩辕黄帝乃是三皇中杀戮最重之人，其人皇佩剑轩辕，正是当日妖族天帝太一与众妖圣炼出的屠巫剑。屠巫之剑，乃是以人族无数生魂为引锻造，可屠巫族强悍肉身。这一切皆是天定大势。无论是轩辕剑的出现，还是蚩尤之魔性背叛，都是天道的杰作。而蚩尤，终为轩辕黄帝证道途中一试炼之石，纵为一世枭雄，又有何缘可为人族之皇？
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