黑人墨菲斯，女主角崔妮蒂，主角尼奥都是一个电子人。他们自认为自己的思想和意识是自由的，但是有很大的可能那些意识思维都是矩阵给予他们的。
墨菲斯可能是个权限很低的人物，他的作用是救出尼奥的身体，初步启迪尼奥，引导尼奥回到矩阵的电脑主机，交出身上携带的密码。
墨菲斯来自于母体，他的思想局限于母体的安排。到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子，自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物，她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面上是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱上一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱上尼奥，然后真的爱上了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角，他的本体是个电子人，和千千万个矩阵中的人一样，他的脑部是改装过的，他有人类的基因，电脑人的接孔，思想完全受母体的控制，他的所有行动都被母体记录下来。
在纯种人类世界中，他是被人怀疑的救世主，在锡安反抗基地并不是所有人都相信他，主流的议会就不相信他，强势的指挥官不相信他，即便是飞船舰长中，很多人依然不相信他。
尼奥身上带着机械大帝和矩阵的所有权限，但是这种权限必须一步步才能得到，而且必须是有顺序有步骤的获得。开始的尼奥就是个普通电脑人，浑浑噩噩的过日子。
在矩阵的虚拟世界里对于上司的训斥逆来顺受。晚上思想千千万，早晨起来接着干，怀疑的思想虽然强烈，但是毫无作为。
而墨菲斯之所以救出尼奥的，是高级智能程序先知告诉他的。
从这一点可以看出，墨菲斯根本就是个洗脑人。
他看似有着坚定的信仰，但是不知道这种信仰的目的和来源，这种信仰是程序先知告诉他的，先知有自己的目的，所以，墨菲斯就是个传话人，执行者。一个自以为掌握命运的执行者，这恰恰是先知和母体的目的和设定。
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