蒋介石想一想，郑介民请求自裁的意见也有他的道理。于是他同意了郑介民的意见。改编了军统的忠义救国军，收回了军统的警察、铁路、工厂等掌控的外系统；但保留了军统海外站。不说几万的军队被改编，只军统原下属各机构裁减掉的人员就达两千多人。
陈立夫、李士珍等人闻讯大喜。以为是他们的建议取得了成效。他们趁热打铁。此时蒋介石听从美国军事顾问的建议，准备效仿美国，改组军委会为国防部；他们遂建议将改组后的军统归属于国防部。
这里与戴笠生前关系极好的胡宗南、宋子文、汤恩伯，不愿看到这现象。如胡宗南，不愿意看到挚友一手创立的大业被削减、甚或有被他人吞为已有的危险；但转念思之，现在挚友人已不在，这份大业已不属他的了，军统继承的人都自请裁减。胡宗南也只能自叹一声——怎么好为已不属知已的军统得罪那许多要员呢？
原先的军统替蒋建立了许多功业，蒋还是很器重军统的，没有同意陈立夫等人的请求，仍置军统于自己军委会名下。这时变成一个很奇特的现象，出现了军委会和国防部两个最高军事机构并存的现象。
当然这不是正常现象，没过多久军委员便被撤销了，“蒋委员长”这个称号也就作古了。但军统，蒋介石只是名义上让其挂靠在了国防部名下，还拥有高度的自主权——为了掩人耳目，遮掩军统过往只为蒋效力、对敌对内部得罪人太多的不好名声，将军统更名为国防部保密局。
军统这样一改制，局内一些黄埔系资历深的高级干部纷纷另寻他枝。
郭显声庆幸自己有远见，早走了一步。
军统虽经过大裁人、改制，裁去合并为交通警察总队的人数要达六万多人，但这六万人大部分是忠义救国军的军人，军统遍布全国、海外的各区、站还在，实力仍很强大。
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